Compete ao Secretário-Geral, coadjuvar o Conselho de Administração e o seu Presidente, dirigir e coordenar todos os serviços e pessoal da FCiências.ID; dar execução às deliberações dos órgãos da Associação no quadro das competências que lhe tenham sido delegadas pelo Conselho de Administração e assegurar o cumprimento das tarefas que lhe sejam delegadas no quadro dos cenários de delegação de competências aprovados pelo Conselho de Administração, incluindo funções de representação, nos termos da alínea 2-b) do Artigo 9º do presente Regulamento.
O Secretário-Geral pode participar em todas as reuniões dos órgãos da FCiências.ID e pode indigitar um Secretário-Geral Adjunto.