Outros Programas Nacionais
A nível nacional, e para além da FCT, têm particular importância os programas de financiamento geridos pela Agência de Inovação e pela Fundação Calouste Gulbenkian e pela Agência Ciência Viva. Os projetos podem ser apresentados pela FCiências.ID ou por qualquer dos Associados.
Revestindo normalmente a forma de um subsídio, a sua gestão não difere significativamente da gestão dos projetos financiados pela FCT, sendo assegurada pelo núcleo de projetos nacionais da FCiências.ID.